护国战争结束后

　　人川军第5师18团团长，驻忠州。

 　　1918年初任川、滇、黔三省联军第1纵队司令，率部逐刘存厚至陕西宁羌。川局既定，任四川省代理省长，川军第5师师长，驻绵阳创办军官教导团，以三民主义思想训导官兵，培植干部。

 　　1920年任川、滇、黔联军副总司令。7月18日率部攻入成都，任川军总司令。后被刘湘、邓锡侯、刘存厚击败，出走上海。

 　　1921年秋奉孙中山之命赴广州，后至桂林协孙组织大本营。1922年冬奉孙中山之命赴湖南赵恒惕部发展国民党党员。后至河南、山东联络胡景翼、岳维竣、孙禹行、徐次兵等人秘商北方革命计划，接着又赴北京联络冯玉祥，再取道上海联络浙江督军卢永祥等，均策动成功。受到孙中山嘉许，被委为大元帅府参军长。1923年2月四川第1、2两军战起，奉孙中山，命回川组织讨贼军。率部由温江经成都、简阳、资中、内江，进占泸县，收编杨森所部杨春芳师。不久杨春芳叛变，被杨春芳扣于泸州。

大革命时期

　　1924年得袁祖铭相助获释。

 　　1925年任川、黔联军川、黔边防总指挥。讨杨（森）获胜，拥众万余人，得叙府“南六县”为防地，乃从事整编，并编《三民主义浅说》以为官兵学习读物。

 　　1926年7月北伐军兴，欲率部出川参战，而将领不从，遂只身到广州参加北伐，任国民革命军左翼军党代表。后蒋介石反革命真相毕露，因积极反蒋，遭蒋通缉，乃潜居中江，闭门临篆，怡情书画。

 　　土地革命战争时期，1931年蒋介石暂且下野，林森任国民政府主席，吕超复出被任为国民政府参军长。1933年林森逝世，遂辞去该职。卸职后大力募款捐资兴办教育，亲任学校董事长，或兼任校长，为重庆清华中学、建川中学、树人中学、精益中学、西南美专等学校的发展做出了贡献。

抗日战争时期

　　坚持抗日。反对独裁。1939年与毛泽东、朱德通书信，商议团结抗日、反对投降事宜，受到毛泽东赞许。毛泽东复信：“奉读大示，向往尤深。先生翊赞中枢，功高望重，下风引领，敢不拜嘉。国难当头，团结为第一义，此物此志，当与先生同之也。”同年创办中国抗战建国垦殖社，以开发边区、安置难民、实行耕者有其田为宏旨，开发雷波、马边、屏山、峨边、沐川等县荒地。

 　　1945年被调任为国民政府军事参议院参议。

解放战争时期

　　1946年被李济深自香港函约为西南国民党革命委员会筹备负责人，暗中从事联络工作不负其名义。同年公开与共产党人接触，在重庆家中与延安代表宴会酬答。12月7日被国民政府授予陆军中将加上将衔，同时退为备役。

 　　1948年被选为国民政府监察院监察委员，负责监察川、康两省。是年回宜宾县，在上层人士中宣传成立地方武装，保境安民。

 　　1949年6月其弟吕一峰受刘伯承之托，从南京来函，嘱其策动西南将领起义，在中共四川临时工作委员会领导下，联络川、康将领及地方人士、促成成都和平解放。

 　　中华人民共和国成立后，1950年任西南军政委员会委员。

 　　1951年7月20日因直肠癌在重庆逝世，公葬于重庆南岸南温泉白鹤林。