民军成员不少是来自平津和各地热情抗战的青年学生和农民。为把民军造就为真正的抗日武装，他常对全团干部战士说：“民军为人民，驱逐日寇出国土，抗日救亡是民军的宗旨。谁消极和反对抗日，就和谁决裂。”在11团任团长时，他积极支持中共派出担任该团政治部主任的闻允志建立秘密党支部，该团的政治工作干部多数是共产党员。因此，民军11团名义是河北民军，实际上是由我党掌握的一支抗日武装，活动于敌后的林县、汤阴、淇县、安阳一带，在朱程指挥下，攻打过鹤壁集、高村桥伪据点，还破坏过敌人的交通命脉平汉铁路，对于敌占区的群众起到了鼓舞作用。为坚持团结抗战，他与国民党反共顽固派张荫梧进行坚决斗争。张荫梧见朱程不听调遣，便密令民军第五旅吴嘉模部消灭朱部。6月15日晚，朱程由陵川县率领部分官兵回团部时，在北店村附近被吴部包围。脱险后，立即率部经5昼夜急行军到山西昔阳一带，转到襄垣县，在全团纪念“七七”抗战两周年大会上揭露张荫梧的罪行，并通电全国，宣布脱离河北民军。

　　1939年6月率第4团起义脱离河北民军，7月中旬，朱程致函八路军总部，汇报部队脱顽经过。总司令朱德、副总司令彭德怀联名回信，表示“佩慰”，作了剀切的指示。同年8月根据八路军总部的指示，建立华北抗日民军，任司令员。同年9月经朱德、闻允志介绍，中共中央批准，朱程加入中国共产党。部队改编后，政治和军事的素质都有了提高。10月，为了打击白晋公路上夏店的日军据点，朱程组织了“狮山伏击战”，一举消灭日军lOO余人，击毁满载军火与军需品的汽车11辆，缴枪80余支。华北抗日民军在晋东南名声大振。

　　1940年春节前，民军进驻豫北林县，附近九峰山有国民党第二战区董良俭部八支队约2000人占山扎寨，鱼肉人民，群众称为“土匪部队”，要求给以严惩。朱程趁大雪天董部忙于过节之机，率部从险道袭取王莽岭、石板河，居高临下猛攻董部据点，占领了梯口，堵住对方逃路。另一路攻入九峰山暖璋阁，智取九峰山，活捉了董良俭。激战两天一夜， 歼灭群众痛恨的国民党第二战区八支队，缴获枪支300余支，俘敌近千人。 后指挥部队取得狮山伏击战等战斗的胜利。1940年2月任八路军第2纵队民军1旅旅长兼冀鲁豫军区第一军分区司令员，随纵队东进冀鲁豫边区，先后兼任冀鲁豫军区第1分区司令员，1943年6月1分区改为5分区，又与6分区合并为四分区，始终担任司令员，从1940年5月到1943年5月，3年中，朱程部队经过大小百余次战斗，指挥部队参加多次反“扫荡”作战，屡屡获胜，开辟和坚持了以内黄、曹县为中心的沙区抗日根据地。