1912年，孙中山定都南京，成立了中华民国临时政府，改江宁府为南京府，并设南京市，隶属于南京府。这是南京历史上第一次设市，第一任南京市长为马相伯。据近代词学大家汪东在民国初年《新闻报》上撰文称"民国初元，南京建临时政府，以先生（指马相伯）为第一任市长，未几引去。袁世凯都北平，南京遂不设市。"

马相伯（1840年－1939年），原名建常，后改名良，字相伯，天主教圣名若瑟，晚年号华封老人。他是我国近代著名教育家和爱国民主人士，天主教耶稣会神父，以及震旦学院、复旦公学、辅仁大学的创始人。

南京第一任市长马相伯
马相伯非常热心于教育事业。于1900年，将他名下的财产捐给耶稣会，要求用作兴办大学的学生助学金。1903年3月1日马相伯于上海徐家汇创办震旦大学。这是中国第一所私立大学，马相伯担任监院，校政实行学生自治。耶稣会决定将震旦学院变为一座完全的教会学校。1905年，耶稣会派法国籍南从周任震旦学院教务长，废除学生自治，引发学生集体退学。马相伯得严复等人相助，率学生于9月13日在吴淞另创复旦公学（即复旦大学前身），取意"复我震旦"，马相伯为首任校长，延请于右任、邵力子等任教。此后耶稣会重办震旦，并于1908年迁入卢家湾吕班路，马相伯仍然捐资为其建造校舍 。

清朝末年，马相伯曾任江苏咨议局议员。1912年辛亥革命成功后，因其德高望重，孙中山将他聘为南京第一任市长，此时他以七十高龄了。没过多久，南京撤销设市。马相伯转任江苏都督府内务司长。1917年，马相伯退出公职，退隐上海徐家汇孤儿院。九一八事变后，年逾九十的马相伯投身救亡运动，呼吁停止内战团结抗日，发起组织中国民治促进会和江苏国难会等。1935年与沈钧儒、邹韬奋等联名发表《上海文化界救国运动宣言》。他说："国亡无日，非朝野一心，武力抵抗，无以自救。"他在上海的寓所被世人称之为《抗日民主堡垒》，并被尊誉为"爱国老人"。

1937年淞沪会战后，上海沦陷，马相伯应李宗仁之请移居桂林。1938年又应于右任之请移居昆明，道经越南谅山一病不起。1939年11月4日，马相伯在谅山病逝，虚岁一百岁。1952年，上海市市长陈毅派专人将其灵柩从越南运回上海，安葬于虹桥天主教息焉公墓。1966年文革期间，息焉公墓被红卫兵砸毁。1984年迁葬于宋庆龄陵园。