修不同的法使用不同的念珠，在密宗修持中，据《金刚顶瑜珈念珠经》载：“佛部念诵菩提子，金刚部法金刚子，宝部念诵以诸宝，莲花部珠用莲子，羯磨部中为念珠，众珠间杂应贯串。”这是指唐密（也就是汉地密教，由唐朝开元年间善无畏、金刚智、不空三大十传来中土）中修法中分为五大部即佛部、金刚部、莲花部、宝部、羯磨部，每一部有五大类真言，三密（身、口、意）修行方法有其仪轨，因此使有不同质量的念珠，所获功德也有差异：在密法修练中，念珠在使用方法和贯串的方法也有不同。在密法四小悉地（即下品的四小成就法）修行中，有息灾、增益、怀爱、降伏四法中，所用念珠也不同，如修息灾法用白色念珠，修增益法用黄色念珠，修怀爱法用红色念珠，修降伏法用绿色念珠。但这些法门须在上师灌顶后才可修行。菩提子念珠则修任何法都可通用。

再者，在唐密和藏密的修法中，均有加持念珠的真言，念诵经咒之前，诵加持念珠真言可获无量倍功德。如唐密加持念珠真言为“唵，毗庐遮那摩诃，莎诃”。密的修法中，藏密加持念珠真言为“嗡，惹渣若嘛呢，扎瓦达哑哄”。每使用念珠前诵加持念珠真言七遍。

拿念珠的方法是：将念珠展开，右手四指下托，念佛或持咒时，从母珠（最大的那一粒，也称佛头）旁的第一珠起，母指下掐，一句一珠，或一咒一珠，掐起到母珠时，应即刻由左向内转过头来，再从母珠旁的第一珠掐起，千万不要跨越或直掐而过母珠。经云：“不应越母珠，蓦过越法罪。”“因绳线表观音，母珠表弥陀也。”

以上均为佛典所载，实际大都为唐密使用方法。唐密佛珠有两个佛头，表白度度他。唐密之所以以母指与四指掐珠居多，因唐密五指以小指起表地、水、火、风、空，四指（即无名指）表水，唐密修行之真言种子，须借水浇灌之方得以发芽、生长。不过，现在大家都习惯了用《摄真实经》佛部和《苏悉地经》金刚部的方法。如果真的是发心修行的善男子和善女，还是以遵照经典记载的掐珠方法修持为好，因为功德究竟不同。
使用念珠的规定：

挂珠通常是指一百零八粒以上可以挂在颈项上的念珠。使用挂珠很有讲究，通常出家人之中，只有住持、长老、法会主持者及当家师才能挂珠子；或者出家受戒十年以上的师父才可挂珠子。念珠的须子，如果是当家师，须子挂在右边；知客须子挂在左边；主持大和尚须广挂在背后，称为拖珠。在家居士是绝对不可以挂念珠的。念珠挂在颈上挂一圈；如果手上拿着一定要是两圈；如放在台案上，一定要放三圈，才合规矩。

念珠是修行的工具，念佛、持咒存乎一心。“静虑离妄念，持珠当心上”。佛珠的数量、构造和质料都只是助道的助缘，不可过于着相和执着：“相由心生，境由心转，心系诸佛，珠可助道。