11月19日，罗卓英被任命为南京卫戍副司令长官，协助唐生智守卫南京。月底，南京即告失守，罗重回苏、皖、浙边区，接替薛岳为第十九集团军总司令，归第三战区司令长官顾祝同指挥。

    1938年6月至8月，罗部在彭湖战场上与日军激斗，于流澌桥一带歼灭了大批敌军，并多次挫败日军在湖口一带的登陆企图。9月12日，罗卓英代替陈诚，任武汉卫戍总司令之职。10月25日，武汉沦陷后，罗的第十九集团军归第九战区司令长官陈诚(薛岳代)指挥，参加南昌会战，罗卓英任战区前敌总司令，负责直接指挥。部署防御时，曾几度变更调整战斗序列，直到3月17日，日军发起进攻时才最后确定下来。罗的十九集团军五个军配置在修水河南岸担任主要防御任务。

    11月19日，罗卓英被任命为南京卫戍副司令长官，协助唐生智守卫南京。月底，南京即告失守，罗重回苏、皖、浙边区，接替薛岳为第十九集团军总司令，归第三战区司令长官顾祝同指挥。

    1938年6月至8月，罗部在彭湖战场上与日军激斗，于流澌桥一带歼灭了大批敌军，并多次挫败日军在湖口一带的登陆企图。9月12日，罗卓英代替陈诚，任武汉卫戍总司令之职。10月25日，武汉沦陷后，罗的第十九集团军归第九战区司令长官陈诚(薛岳代)指挥，参加南昌会战，罗卓英任战区前敌总司令，负责直接指挥。部署防御时，曾几度变更调整战斗序列，直到3月17日，日军发起进攻时才最后确定下来。罗的十九集团军五个军配置在修水河南岸担任主要防御任务。

    冈村宁次1939年3月，日军冈村宁次率四个师团的兵力进攻南昌，3月24日陷吴城镇，并强渡修水，与罗部激战于万家埠、安义一带。27日，奉新、南昌相继沦陷。罗卓英下令各部避开敌锋，逐渐建立起修水以南，赣江以北的抗日根据地，与日军第一○一、一○六师团对峙。4月下旬，罗负责全面部署并指挥本集团、上官云相集团及高荫槐集团的一部，对南昌之日军反攻，试图夺回该市(参日晚，罗统率三军，以分兵合击之势对南昌进击，中路取高安，进占万寿宫至生米街一线；左路击奉新、靖安之敌，切断其与南昌的联系；右路渡抚河，进克市议街、武溪市之线，并以第三战区第七七九师、新五师组织便衣队，潜入南昌袭扰日军。战斗打响后，各部进展迅速，左路歼靖安之敌，并一度克复奉新；中路越过万象埠，攻入牛行镇；右路越过武溪市，预第五师、二十六师一部攻至南昌市东。由于未能切断南浔铁路，使日军得以增援，加之在反攻南昌的关键时刻，遭日军反击的第七十九师师长段朗如违令畏缩，至误良机，使第一次反攻只得暂停。5月1日再次反攻时，日军借助其空炮火力支援，顽强扼守南昌外围阵地，并进行反击，罗军伤亡十分严重，无力攻坚。5月9日，全线停止反攻。反攻南昌城后，罗卓英集团放弃了对城市的争夺战，改为消耗敌人有生力量为主的游击战。此后罗指挥第十九集团参加了1939年9月第一次长沙会战、1939年冬季扫荡战、1940年夏季配合第五战区的扫荡战，歼灭了大批敌军有生力量。

    1940年2月，罗升第九战区副司令长官，仍兼十九集团军总司令。汪精卫投敌叛国后，他与薛岳、王陵基、杨森等联名通电讨汪。第一次长沙会战后，日军第一○一、一○六师团调走，改调第三十三、三十四师团驻赣北。

    日军进攻长沙受挫之后，深感必须首先消灭或赶走赣江、抚河流域一带的国民党野战军，扫清障碍，才能直捣长沙右侧，打通粤汉铁路，便于1941年3月发动了鄱阳湖扫荡战。由日寇三十三、三十四师团、池田混成旅团，及远藤少将指挥的第三飞行团组成的扫荡部队，共出动了四万余人，飞机百余架，坦克四十余辆，分三路合击第十九集团军的指挥中心上高。罗卓英指挥刘多荃的第四十九军、李觉的第七十九军、王耀武的第七十四军和赶来增援的七十二军李良基师，共六万余人，采取两翼牵制敌军，使其不能形成合围之势，并大胆集中重兵，转移外线，诱敌从中路深入，在上高一带歼灭敌人的战略。3月15日，敌北路军三十三师团首先发动攻势，南下攻陷奉新，入伍桥河。李觉军的一部节节抗击，将其引至下观童、苦竹坳一带，并与之纠缠。至19日，日军发觉中计，方仓卒回师奉新，蛰伏不动。南路之池田混成旅团于15日渡锦河，与刘多荃军的一部在清高路、猪头山一带激战，遭重创，仅部分拼命突进，与第三十四师团会合。

    中路大贺茂的三十四师团于16日在飞机、坦克的配合下，猛攻祥符观。17日，罗军主动放弃高安而将部队迂回外侧，与锦河之师会合，准备再兜击日军左翼。当时日军南北二路未能按计划行动，且北路军停止了进攻，但三十四师团求胜心切，麻痹轻敌，依旧轻装急攻。20日，采用锥形突击的方法，向官桥、泗溪猛扑。21日，罗卓英命令北翼部队以杨公圩、官桥、泗溪为目标兼程南下，南面锦河之部出击敌左侧，又抽调赣江东岸数团兵力急速参战，而王耀武军则全速赶到上高一带阻敌并没伏。22日，罗军抢占华阳成功，确保了各部联系，逐渐形成了对三十四师团的包围。而大贺茂依然未发觉自己的危险境地，仍向下陂桥、石洪桥强攻，直至罗军北路之一部攻到其司令部附近，才发觉大势不好，急电奉新之三十三师团南下增援。23日深夜，罗卓英拟订“当前胜利保障十则”，交各部执行，同时下令对敌展开全面围歼。李良基师向东南，王耀武军向东，刘多荃、李觉在南、北，把日军三十四师团包围在长三十里，宽五里的地带，予以痛歼。24日，第三十四师团残部向东北拼命突围，而驰援的三十三师团亦赶到。李军的两个师未能抵住敌方两面夹攻，擅自退却。使三十三、三十四师团合流逃出。但日军突围后，又暂驻官桥、南茶罗一带抢运尸体，被罗军赶上，形成第二次、第三次的包围。至4月2日，罗集团收复原有阵地，并占领战略要地万寿宫，及安义外围的长埠、安埠、午州、伏桶山等地。是役，敌三十四师团几乎被全歼，该师团步兵指挥官宕永少将因重伤至毙。据当时战报说，日军毙伤二万四千余人，被俘七十二人。罗卓英因此役而获青天白日勋章。