１９５１年，霍秉权服从国家建设的需要，毅然离开服务多年的清华大学，去东北工学院任教授兼物理系主任，做建系工作。１９５２年，全国高等院校进行院系调整后，他又转入东北人民大学物理系任教授，参与创建东北人民大学（吉林大学前身），直到１９５６年党中央发出“向科学进军”的号召。１９５５年教育部调霍秉权参加郑州大学筹建工作，１９５６年全家即搬往郑州。郑州大学是一所新建大学，一切从零开始。作为校长助理的霍秉权为将郑州大学办成“四年制”综合大学，克服了重重困难，并千方百计筹建物理系。他首先从东北人民大学物理系带来了一批有实践经验的青年教师和应届毕业的品学兼优的研究生和本科生，进而亲自到南开大学、南京大学、武汉大学等校物色具有一定业绩的中年骨干教师。同时与北京仪器进口公司等单位联系订购科研仪器，连夜查阅国内外理工大学发展及现状资料，提出专业设置规模，并组建“原子核物理”、“金属物理”、“理论物理”、“无线电物理”、“半导体物理”等５个专门化教研室，还为建立十几个实验室做了大量实实在在的具体工作。并自编教材，亲自为一年级大学生开设普通物理课。在各个教学环节中，注意发现人才，选拔人才，特别对那些踏实、不讲空话、刻苦认真、学业优秀的学生，给于重点帮助。他十分关心青年教师的提高，亲自听课，具体指导，青年教师们在业务上有问题常找他请教，在生活上有困难也向他求援，他从不拒绝，也从未谈起他对别人的帮助。他虽身为教授，也积极参加学校各种政治活动和劳动锻炼，从不搞特殊化。为了促进物理系的科研工作，进行学术交流，他积极邀请国内物理学家到河南省作学术报告。受到与会者特别是年轻学生的热烈欢迎。由于霍秉权的积极努力，郑州大学物理系的教学与实验迅速走向了正规化。

    为科研铺路，甘为孺子牛

    霍秉权在教学科研中，深知教育事业必须有高质量的后备梯队补充，才能不断使工作得到新的进展，因而他又向其他有关单位求助。曾先后和中国科学院原子能研究所赵忠尧教授、北京大学技术物理系胡济民教授、兰州大学近代物理系徐躬耦教授、中国科学技术大学近代物理系梅镇岳教授、南京大学物理系施士元教授、武汉大学物理系王治梁教授等进行联系，派出一批青年教师到这些重点大学进修，同时自己招收研究生进行专门指导。为办好郑州大学物理系，给社会主义祖国培养更多的人才，他废寝忘食、呕心沥血。要在一所新建的高等学校开展现代化的尖端科学研究，困难可想而知，即使这样，他仍然干劲十足。在他的积极参加和指导下，研究原子物理的重要仪器——静电加速器于１９５９年完成了主体部分的制造。为研究宇宙射线，他又提出大胆的设想，派专人赴焦作下矿井，进行调查研究。同时他还带领青年教师大力进行了原子核能谱学实验室的建设。

    １９６２年，我国的第二个长远科研规划中，郑州大学物理系承担了宇宙线和原子核能谱的科研任务。当时经费由国家调拨，研究人员由刚毕业的物理专业研究生中选拔。在霍秉权等人的努力下，１９６４年安装成两台谱仪，１９６５年对自制的探测基本粒子的“多板云室”和“火花室”进行了组装和调试。１９６６年５月，当我国进行核爆炸试验时，他和一些青年教师在河南省卫生防疫站的协同下，在原子核能谱实验室多道脉冲幅度分析器上，进行了核爆炸裂变产物高空降落物的能谱分析。这一工作得到了中央有关部门的好评。

    １９６６年６月以后，“文化大革命”的风暴席卷郑州大学，霍秉权深受迫害，被打成了“反动学术权威”，撤销了一切职务。但最使他痛心的是，好不容易建成的原子核能谱实验室被破坏，在中国科学院直接帮助下研制的“多板云室”探测器也被扔入茅厕。郑州大学物理系被搞得既无“物”也无“理”。霍秉权坚信搞科研没有罪，搞基础研究没有错。他多次鼓励青年教师们一定要有事业心。在连一间办公室，一张写字台也没有的情况下，仍然坚持每天到资料室查阅中外资料，时刻关心着宇宙射线高能物理研究工作的进展。

    “文化大革命”结束后，霍秉权重新焕发了青春。１９７７年，他赴北京，登黄山，到庐山，多次参加中国科学院召开的重要会议。同年８月在“宇宙线学科规划预备会议”上，他主动为郑州大学物理系争取到了宇宙线、宇宙线物理理论、高能粒子探测器——火花室和氖管描迹室的研制等项科研任务。在他的指导下，这几项科研任务有的已取得初步成果，其中国内少有的氖管描迹室的核心部分业已研制成功。１９７８年“全国超高能宇宙线物理会议”在昆明召开，大会专门邀请霍秉权前去参加会议。当他回到离别３３年的西南联合大学旧址时，不无感慨地说，“世界真是大变了”。１９７９年又遇到了科研经费不足的困难，他利用在北京参加全国人民代表大会会议的间隙，前往中国科学院高能研究所筹集经费。由于当时高能研究所经费也不充足，因而没有得到任何结果。然而他并不灰心，继续从其他途径寻找经费来源。为科研铺路，忙碌奔波。

    霍秉权的工作得到了党和政府的首肯，早在１９５４年就应邀列席了第一届全国人民代表大会，受到了毛泽东主席的接见，并曾到周恩来总理家作客。曾以特邀代表的身份，与长子霍裕平同时参加了全国科学大会，在与会同行中传为美谈。

    １９７９年１２月霍秉权实现了自己的夙愿，加入了中国共产党。同年在重建高能研究室继续开展研究工作的基础上，他又招收两名研究生进行培养，同时积极支持建立穆斯堡尔谱学实验室，为教学和科研开创新的局面。

    霍秉权在改革开放的政策鼓舞下为实现自己终生为之奋斗的目标——建立一个小型的高能宇宙线物理实验室和一个教学、科研、应用相结合的核能谱学实验室、为使物理系的科研工作更上一层楼，他辛勤的工作，付出了一生的心血