长期以来，西方许多人，尤其是天主教徒将他视为令人景仰的，“诱导异教徒皈依的”传教士。而东方却将他视为促进东西方交流的科学家。这种评价主要是因为他向东亚地区传播了西方的几何学、地理学知识，以及人文主义和天主教的观点，同时他又向西方介绍了中国文化。也因此，有人将他视为一位汉学家。

 　　教宗若望·保禄二世在《利玛窦到北京四百周年国际学术研讨会致词》中对利玛窦的评价可以代表天主教会的观点：

 　　“利玛窦神父最大的贡献是在‘文化交融’的领域上。他以中文精编了一套天主教神学和礼仪术语，使中国人得以认识耶稣基督，让福音喜讯与教会能在中国文化里降生……由于利玛窦神父如此道地的‘做中国人中间的中国人’，使他成为大‘汉学家’，这是以文化和精神上最深邃的意义来说的，因为他在自己身上把司铎与学者，天主教徒与东方学家，意大利人和中国人的身份，令人惊叹地融合在一起。”

 　　《利玛窦传》一书的日本作者平川佑弘称利玛窦是“人类历史上第一位集欧洲文艺复兴时期的诸种学艺，和中国四书五经等古典学问于一身的巨人。”他还将利玛窦看作是“地球上出现的第一位“世界公民”（homo universale）”。（中文版序言）

 　　美国《生活》杂志亦将他评为公元第二千年内(1000年—1999年)最有影响力的百名人物中的一员。

 　　【死因】

 　　利玛窦以年老患病身故，情实可怜，况臣利玛窦自入圣朝，渐习熙明之化，读书通理，朝夕虔恭，焚香祝天，颂圣一念，犬马报恩忠赤之心，都城士民共知，非敢饰说。生前颇称好学，颇能著述，先在海邦，原系知名之士，及来上国，亦为缙绅所嘉？臣等外国微臣，悲其死无葬地，泣血祈恳天恩，查赐闲地亩余，或废寺闲房数间，俾异域遗骸得以埋瘗，而臣等见在四人，亦得生死相依，恪守教规，既享天朝乐土太平之福，亦毕蝼蚁外臣报效之诚。”

 　　虽然朝廷中有人反对，但该事在内阁大学士叶向高等人的多方努力下，还是很快得到了万历皇帝的照准。1611年，由徐光启主持，皇帝赐物利玛窦安葬于平则门外二里沟的滕公栅栏。教会无需付款便可拥有这份产业。至19世纪末，安葬于“滕公栅栏”的欧洲传教士已逾百名。1900年墓地被义和团砸毁。墓穴被掀，碑石被砸。其后清政府依《辛丑条约》出资重修了被毁墓地，而且还立了一块道歉的石碑。20世纪初此地已经成为天主教的公共墓地。墓地面积也不断扩大。至中华人民共和国成立，栅栏墓地已先后埋葬了数百名西方传教士，成为明清以来西方传教士在东方安息的一个最为集中的所在。