《科学通报》赫崇本作为物理海洋学家，首先开创并推进了中国对海洋学基本问题之一——“水团”的研究。他首次对黄海冷水团的形成、性质、范围及季节变化等问题进行了系统而全面的分析，严谨地论证了大气圈和水圈的相互制约关系。这种大范围考虑的分析方法，不仅适用于黄海冷水团的分析，对中国整个浅海水域的“水团”研究，同样具有普遍的指导意义。赫崇本主编的《中国近海水系》是中国海洋界一部重要的经典文献。该书对划分复杂的浅海水团提出了一些创造性的原则，并首次全面地论述了渤海、黄海、东海和南海近海区的水团分布、形成机制和季节变化。

　　在赫崇本的开创和推动下，青岛海洋大学和中国的海洋界，在水团研究上已形成了中国的特色。把多元统计与模糊数学方法引入水团的划分、分析及预报，取得显著成效;针对浅海水团的特点，在分析水团变性与消长规律方面，作了深入研究;密切结合渔业生产实际，在探索水团和渔场、渔汛关系方面，取得了明显效益，形成了独特的研究体系。

　　赫崇本在学术上的另一重要功绩是，为了确保中国第一次大规模的中国海洋综合调查资料的可靠性和权威性，对浅海水文调查方法等有关问题进行了深入研究，系统地论证了逐日变化、周日变化和临时变化对浅海水文状况的影响及其产生的原因，指出在浅海海洋调查中要充分考虑水文要素变异等的基本问题与海洋调查特点，他为中国广阔海域的海洋调查方法奠定了基础。

　　在大学创办海洋研究所，为国家设置一批新兴的海洋学科。赫崇本在青年时代曾在昆明清华大学金属研究所从事冶金研究;在美国期间，曾在加里福尼亚大学斯克里普斯海洋研究所从事海洋研究。深知大学要办出特色，要办出水平，必须要创办研究所。赫崇本回国后，在山东大学海洋研究所，从事研究工作。并任副所长。1959年在山东大学以海洋系和水产系为基础扩建成以海洋为特色的山东海洋学院，下设海洋研究所，他任所长。为突出特色，将海洋研究所改名为物理海洋研究所，后担任顾问和名誉所长。鉴于社会急需，又创设河口海岸带研究所。在赫崇本的支持下，海洋环境保护研究中心、海洋遥感与海洋光学信息处理研究室、海洋物理化学及海水防腐研究室、海洋激光研究室、海岸工程研究室、水产养殖研究所等海洋研究机构相继成立。

　　这些具有中国特色的海洋学科的诞生与发展，使中国的海洋科学与国外不断地保持着交流与联系，促进了中国海洋科学快速发展。

　　赫崇本也十分重视大学创办学术刊物及出版系列专著，除长期担任《山东海洋学院学报》主编外，还担任中国大百科全书《海洋科学》卷副主编，兼《海洋物理》分卷主编;《海洋与湖沼》副主编，科学出版社的《海洋湖沼科学理论丛书》副主编，《中国科学》和《科学通报》编委等职。在赫崇本的推动下，现今青岛海洋大学各院、系、所、中心，特别是物理海洋和海洋气象系，出版了一大批优秀论文和专著。既推动了科研的发展，又丰富了教学内容，提高了教学质量。