编辑本段　　康波福米奥和约签订以后，督政府交给他的使命是首先麻痹瑞士人，使他们感到可以高枕无忧，然后分裂他们的委员会，最后，集结军队进攻伯尔尼州和夺取它的公共金库；1798年7月3日，他采取了与其说是军事手段，不如说是外交手段，迫使法国的假同盟者撒丁国王卡尔·艾曼努尔把都灵的城砦交给他。1798年，瑞士发生反对伯尔尼寡头的起义，为法国提供了干涉的借口。布律纳受命指挥海尔维齐奥军于1月入侵瑞士。他很快打败了瑞士中部各州的雇佣兵，缴获130门大炮和 60000支步枪。接着，他照抄法国政体，把中央集权制强加于原来处于分散状态的瑞士联邦，又将日内瓦并入法国，并掠夺了价值2350万法郎的财物充实法国国库。但当时布律恩却忘记了把掠夺来的财物登记造册。
　　1799年1月，他被任命为驻荷兰陆军总指挥，并指挥阻击英俄联军的战斗。8月27日，他成功地将联军阻止于赫鲁特-凯滕，但于9月10日战败。 9月16日，英国约克公爵率联军35000人进攻贝尔根，布律纳率领法-巴达维亚军队22000人迎击。9月19日，联军的攻势被挫败，损失4000人；法军伤亡3000人，缴获了20门大炮和200面军旗。史称第一次贝尔根之战。10月2日，两军在贝尔根附近的滨海埃赫蒙德再次会战，各损失2000人，史称第二次贝尔根之战。10月6日，卡斯特里克姆之战，联军战败，损失3500人；法军损失2500人。约克公爵弗雷德里克王子元帅认识到他无法将法军逐出荷兰，于是从海上撤走，荷兰归法国所有，并在10月18日的阿尔克马尔会议上得到确认。当时，儒尔当在比利时；马塞纳在瑞士，都确保了法国的利益和莱茵河国界，三人被并称为功臣。雾月政变以后，波拿巴委任布律恩为新成立的国务会议委员，随后又派他去镇压布列塔尼的保皇党人。
　　1800年初，受命指挥旺代的西路军，后于7月指挥在第戎的预备役第二军团。8月接替马塞纳任意大利军团司令。开始，他取得了些许成功，但在通过明乔河时，由于犹豫不决，险些使杜邦师遭到灭顶之灾；根据他的命令，军团必须在两个地点疲河：杜邦将军指挥的右翼在沃尔塔河畔的磨坊和波察洛村之间渡河；布律恩本人指挥的左翼在蒙博戎附近渡河。当后面这部分部队渡河遇到困难时，布律恩下令推迟24小时进行，虽然在另一地点开始渡河的右翼已经同兵力强大得多的奥军接火。只是由于絮歇将军的及时赶到，厄运才未发生。拿破仑曾评论此事说："意大利战役表现了布律纳天才的局限性。"，不过，他还是成功推进到波尔萨诺，战败的奥军不得不签订停战协定，退出反法战争。