除了这一类派系争斗外，还有无谓的权力斗争。河南大学是李先闻回国后找到的第一个真正安身立命之所，他在这里开设了细胞遗传学课程，并从事粟类遗传研究，相继在国内外杂志上发表的十多篇论文，使默默无闻的河大农学院蜚声中外。加以其间陆续会聚了一群有志向学的学人，一时有欣欣向荣的气象。然而不旋踵间，以无关学术的院长之争而起人事波澜，使不谙权力之争的学人先后为权力之争所伤害，各自星散而去。

　　农学是一门实用性非常强的学科，农业破产的近代中国也确实需要育种改良、病虫害防治等方面的专家。李先闻因在康大学的是理论性的遗传学，他回国后一直面临理论研究与实际应用之间的现实与矛盾。刚回国时，他的师兄赵连芳从事水稻改良，被誉为“水稻专家”;沈宗瀚继承洛夫在中国开创的小麦改良，是 “小麦专家”，都非常风光。李先闻却不仅“沦落为讲师，做的又不是本行工作”。他攻读博士学位的康大育种系也存在理论与实用两派，互不相容，并直接影响到李先闻在国内的发展。1931年，李先闻到南京去看洛夫与接替洛夫的迈尔斯(E. H. Myers)，告诉迈尔斯回国后两年的困顿与艰辛。迈尔斯“一挺胖胖的身体坐直起来，跷跷二郎腿，把烟斗里烟丝揿一揿，划火柴燃着烟丝，吸一口，吐一个圆圈”，说：“你只会玩基因，在染色体上，别的事你一概不晓得。而我们呢?实用的研究者，能为你们国家、我们的国家赚洋钱和毛钱!”显然他不喜欢不是“实用研究者”的李先闻，这种不喜欢是实用型排斥研究型的贯态，而更过分的是洛夫和迈尔斯还在中国诽谤李先闻，说他脾气不好，在康大为争温室地盘与人打架。

　　只要有人，就有互相倾轧，只是科学界的倾轧往往出乎常人对于象牙塔的想象。相对这些人事纠纷，战乱对李先闻一辈科学研究的影响乃至整个中国近代科学发展的影响则完全不可同日而语。李先闻好容易通过清华同学刘崇乐在东北大学生物系谋得职位，虽然所教非所学，也想全力贯注做些成绩出来。但九一八事变爆发，李先闻只得仓皇逃离入关。战乱打碎了李先闻的怀抱。之后，他入武汉大学，并把武汉大学看作是回国后施展理论研究才能最为理想的园地。全面抗战爆发，武汉大学只得内迁，李先闻说：“武汉大学是一个新兴的好学校，……如果不是局势演变，很可能成为一个大有作为的学术机构，这是不可讳言的事实。”战乱又打碎了李先闻的怀抱。

　　日本投降后，李先闻与同事们心中的愉悦可想而知：“那一天晚上，大概有二十人左右，每人拿了一瓶酒，一包花生米，挤在我家几尺见方的客厅内。坐着的，躺着的，把酒瓶传来传去，嘴里哼着唱着，好像一群疯人似的。当然有人醉了，哭着，喊着，如痴如狂，都像有神经病一样。”李先闻自己，“从1931年在沈阳起，我本身饱受日本人欺侮，从东北逃到北平，转开封，以为武汉可以安定一个长时期，但不久又走上逃亡之路。逃亡!逃亡!好像是离乱时代的日常生活似的”。对于科学研究而言，更受伤的是战争使刚刚起步的中国科学中断与世界科学的联系，失去了继续发展的机会。1944年8月，李先闻作为专家被派遣赴美考察农业，他到加州理工学院摩尔根的冷泉实验室访问，“以新奇的眼光，看了，听了，都是闻所未闻，见所未见的科学的进步。他们这一群没有受到战争直接的影响，每天埋头苦干，在生物界领导群伦”。

　　这种年复一年的派系林立和时局动荡，无疑使身为科学家的李先闻生不逢时，然而他始终没有澌灭自己的追求和向往。在河南大学、在武汉大学、在四川农业改进所，他都以但问耕耘不问收获之心，尽一个学人的本分，一有时间，就在简陋的实验室里指导学生进行理论研究，将研究成果整理成文，在美国刊物上发表。在中研院首届院士选举中，被北大、清华和中研院推荐为院士候选人(郭金海《中央研究院第一届院士候选人提名探析》，《中国科技史杂志》2008年第4 期)，与俞大绂、邓叔群一同当选农学科院士。在派系林立的背后和深处，彼时的学界毕竟还存有一点公道。

　　1949年政权转换之际，李先闻选择了离开。“离境时，向同事们告别，差不多每位同事都异口同声地劝我不要走，说这不过是‘换朝代’而已。我回答他们是，各人有各人的想法。遗传学是李森科那一套，哪能不走。”虽然他这段回忆可能有些“倒推历史”的嫌疑，但对他来说当然已视为事实。李先闻在台湾从事甘蔗育种改良工作十四年，被农民誉为“半仙”和“甘蔗之神”。晚年研究水稻诱变育种，获选优异的水稻矮秆品系，享誉国际。李先闻曾多次参加太平洋科学会议、国际植物学会、世界遗传学大会等，为台湾学术的复兴与国际化贡献良多。1976年7月4日，这个农家子弟的心脏停止了跳动，享年七十四岁。

　　《李先闻自述》，李先闻著，湖南教育出版社，2009年7月第一版。