编辑本段接管邱园　　1851年3月26日，胡克结束了在锡金和印度三年半时间疲惫不堪的科学考察，返回英国，受到了热情的欢迎。但此时，政府不再资助他的工作。这大大激怒了胡克，他言辞尖刻地控诉有关部门，说自己如果是一个商业植物猎人，仅杜鹃的种子和幼苗就可以卖1500英镑。政府终于被说服，在此后的三年，每年给他拨款400英镑。在这笔资金的帮助下，胡克完成了《新西兰植物志》，并着手写作《喜马拉雅山日志》。米·艾伦说：“《喜马拉雅山日志》和亨利·阿加德·华莱士的《马来群岛》、达尔文的《随小猎犬号航行考察》一起，构成了探索科学奥秘之旅的黄金时代的三部曲。”也是在这一时期，胡克恢复了和达尔文的通信联系，两人的友情从此日益巩固，作为达尔文极为尊重的批评家和密友，胡克一直是物种进化理论的支持者。
1855年的约瑟夫·道尔顿·胡克　　1855年，胡克开始作为邱园助理协助父亲工作。老胡克已使邱园的面积从5公顷扩大到100多公顷，德·奇姆顿设计的棕榈房，经济植物博物馆均于1848年开放，图书馆也举行了落成仪式，他的私人收藏品—干燥的植物标本已成为世界上最大的植物标本室的核心。邱园已不再是一个单纯的科研机构，而成了公众和游客青睐的地方。
　　在担任邱园的主管助理期间，胡克负责大部分邱园日常营运工作，大量源源不绝地到达邱园的植物标本需要整理和收藏。胡克将自己在锡金和印度采集的和托马斯·汤普森在喜马拉雅山西北部和西藏采集到植物标本合二为一，居然有近7000个种类。老胡克将儿子在野外的笔记进行编辑，并请人做彩色插图，使《锡金—喜马拉雅山》一书问世，书中的植物赢得了人们高度赞赏，轰动了全世界。
　　1865年11月，胡克接替了父亲的爵士之位，成为邱园的主管。1876年，胡克成立了乔德尔实验室，对植物生理学和分类学进行研究。19、20世纪之交，共有700名植物学家和园艺师分赴世界各地，为邱园工作，他们的成果使邱园更加充实。胡克在为邱园的事务奔忙时，还抽出时间去黎巴嫩研究雪松，在摩洛哥，他发现了柳穿鱼这种一年生植物，1877年，已60岁的他还完成了毕生的最后一次探索—到美国的科罗拉多州，登上了3960千米的落矶山脉，为的是把这里的高山植物和锡金的加以比较。
老年的约瑟夫·道尔顿·胡克　　1883，胡克把邱园的工作交给女婿，过起了退休的生活。大约在这个时候，一种艺术性地复制异域风景的时尚逐渐兴起，这一潮流来源于自然造园和野生造园的理念，人们争相模仿杜鹃森林和喜马拉雅山山谷，其灵感就得自胡克的《喜马拉雅山日志》。外界的追捧并没有打扰到胡克生活的节奏，他把自己的家安在桑宁戴尔附近的坎普，在房子周围树木里种上了他发现的杜鹃，过起了隐居日子。在接下来的时间，他和乔治·班逊姆合作撰写了《植物属志》一书，这部十九世纪最卓越的植物学巨著花了26年才完成，书中列举了植物200多个家族中所有已被发现的成员，并对每个成员都有独到的研究。多年前，班克斯要把所有在殖民地中发现的植物全部记载下来的愿望终于变成了现实。
　　1903年，胡克收到英国锡金—西藏边境委员会的电报，称赞他的不同凡响的专业水平，同时特别提到他大约半个世纪前绘制的那一地区的地图仍然精确。1911年，94岁的胡克辞世，当时他在研究凤仙花，在他看来，这是一种最具有欺骗性的植物。
　　胡克对植物学的贡献是巨大的，他再次确立了邱园作为世界首要植物学研究中心的地位，在他和大英帝国的共同努力下，经济植物在各殖民地得到普遍种植，英国的繁荣和殖民地的扩张也得益于此（当然后者是植物学家的他所始料未及的）。他所发现的喜马拉雅山杜鹃的后代，保证了日后全世界园林中每年春天都有亮丽的风景。