自1960年起，由南洋大学执行委员会聘请庄竹林博士，为副校长 (Vice-Chancellor) 以主持校政，过去四年中管理大学的行政委员会同时宣告结束。大学行政首长名称从大学法中所规定的校长(President) 修正为副校长(Vice-Chancellor)，显示南大有意改变过去从美国脱胎的中国大学体制而沿袭英国大学体制，俾与本地高等教育制度趋于一致。校长(President) 衔称虽然继续留存大学法中，直至于1966年，由于新加坡的独立自主，乃由新加坡共和国国会正式修正。在同一修正法令中，亦有其他数项条款同时修正，以符合英国大学体制。

南大毕业同学因为本身学位在本地迟迟未受到正式承认，被迫大量前往海外深造，寻求更高学历。由于南大毕业同学均能直接进入北美、欧美、澳洲及亚洲其他国家的研究院，以及进入研究院后的优异表现，为日后新加坡政府"承认"南大学位铺下了坦途。

际此，南大前途由两股相辅相成的力量加以促成──其一为南洋大学需要国家在财政方面的支持，其二为政府将南洋大学并入国家教育体系中的愿望。由政府及南洋大学理事会(大学法中规定为南洋大学最高决策机构)长时间的交换意见;最后在1964年4月双方达致协议，根据该项协议政府郑重保证南大得以保持本身具有的特质，同时政府将在同等基础下给予南洋大学以与国立新加坡大学财政上同样的援助。随后，南洋大学即着手改组工作。首先，副校长庄竹林博士于1964年7月辞职;由临时校内行政委员会摄管校政数月，接着由一位代理校长署理校政，直至1969年初。

在1965年初，南洋大学委任课程审查委员会审查南洋大学学术方面应兴应革事宜，委员会建议以三年普通学位课程暨一年荣誉学位课程，替代南大原有单纯的四年学士学位课程。荣誉学位课程乃给予具有优异学业成绩的普通学位毕业生攻读。英国大学体制从此纳入南大学制。

该委员会亦建议设立语言中心，其主要任务是为各系英文欠佳的学生开设补习及精通英文课程。该中心在1967年初成立，具有完备的语言课程，特别是华语课程。该课程导致众多外国学生，前来南洋大学就读，包括苏联学生和美国学生。

委员会其他重要建议，包括在文学院增设马来学系及废置文学院的现代语言文学系及教育学系以及理学院的化学工程学系。以上建议业经实施。

随着课程审查委员会建议的实施，南洋大学教职员的薪金率亦获调整，与本地区两间国家大学的薪金率不相上下。从此，南洋大学征聘优秀的教职员的最大障碍得以消除。

自1964年开始南洋大学改组工作，至1968年业已接近完成。同年5月，教育部长在毕业典礼致词中宣布新加坡政府正式承认南洋大学所授予的学位。

第一届新制毕业生在1969年初毕业，同时也标志旧制不分等级的四年普通学士学位学制的结束。并于1969/70学年度，各院系同时开设荣誉学位班。

自1965五年担任代理校长的黄应荣教授在1969年初退休。理事会聘请驰名的学者黄丽松教授为校长。黄校长到任后经拟订许多发展计划，陆续实施，研究院的设立即其中重要的一项。

为了培养学生以配合国家迅速工业化的需求、为了给教师提供必要的研究工具以及改善大学的行政，服务效率，李氏基金于1969年底慷捐巨款，在校内成立了李光前电脑中心。

在1970年，李氏基金再度慷捐巨款，协助大学设立一所李光前文物馆，其目的在于保存亚洲文物资料，以供学术研究，并且向公共人士宏扬亚洲文化。

1970/71学年度的开始，南洋大学甄选第一批研究生进入研究院的亚洲文化研究所，数学研究所，自然科学研究所及商学研究所攻读硕士或博士学位。1972年7月第十三届毕业典礼上，颁授研究院第一届毕业生以博士学位及硕士学位，在南洋大学创校史是个新的里程碑。

1972年9月黄校长辞去校长职，就任香港大学校友。理事会聘请著名公共行政学学者且精通中文、英文及法文之薛寿生教授为校长。薛校长于同年9月23日上任，出长大学校政。

华语研究中心在1974年成立，其主要任务是研究华语在本国之应用及其发展，并且帮助解决中小学在华语教与学上所碰到的问题。