我国农业生产受农作物病虫害影响很大，许多病害需要适用的农药加以防治。５０年代，有机汞制剂因汞中毒严重，被国家停止使用，此后植物病害日趋严重，成为农业发展的难解课题，张少铭下决心开展农用杀菌剂的研究工作。

    他首先设想砷的毒性小于汞的毒性，可望用有机砷系列产品代替有机汞制剂。在以后的研制中，他合成了一系列有杀菌作用的有机砷化合物，从中选出效果较理想的田安（即甲基砷酸铁胺）和砷３７（即乙基黄原酸砷）。但经过试用仍有一定毒性，因此仅少量使用，未大量生产。

    与此同时，他还对农药六六六生产中的大量无毒体的开发利用进行了研究。这些副产品当时难以处理。张少铭利用无毒体碱性水解制五氯酚钠，并改溶剂法为水法获得成功，很快推广应用，五氯酚钠成为当时生产量最大的稻田除草剂，目前仍是杀灭血吸虫宿主钉螺的主要药剂，同时还大量应用于铁路枕木防腐处理。

    １９７０年，国外对苯来特苯并咪唑基团化合物具有杀菌活性及内吸性的报道，引起了张少铭的重视。他对这类化合物的杀菌性能、合成方法和药效进行了系统的研究。经过菌株测试，筛选出的多菌灵一号及多菌灵二号效果最好。这两个化合物国外当时并未实现工业化生产，而合成方法又比苯莱特简单，成本低廉，他便抓紧时间进行研究开发，很快推向生产。

    多菌灵一号是一种具有内吸性的优良杀菌剂，早期用于防治棉花，枯、黄萎病。而后由于该药的广谱性，发现可防治许多主要农作物的多种病害，如小麦赤霉病等，１９７４年通过了化工部鉴定。这项产品的经济效益及社会效益很好，７０年代初，该药在北京双桥农药厂和江苏吴县农药厂投入生产。当时，浙江、江苏小麦赤霉病大面积发生，江苏试用多菌灵，仅一季就挽回小麦损失１５万千克。多菌灵因此一举成名，供不应求。该农药使用至今，经久不衰，生产工厂已发展到黑龙江、上海、江苏、山东、广东、浙江、湖北等省、市，共１５家，年产量逾５０００吨，产值１亿元以上，除供国内使用外，出口量也很大，为国家创收大量外汇。

    这期间，张少铭还与辽宁丹东柞蚕研究所科技人员合作，利用多菌灵二号防治寄生在柞蚕体内的线虫取得优异成绩。柞蚕是我国北方生长的经济昆虫，柞蚕丝为我国的特产，是优异的纺织品原料。但是柞蚕体内往往寄生着线虫，会引起蚕的死亡，影响柞蚕丝生产的发展，使蚕农受到损失。利用多菌灵二号防治柞蚕体内线虫，构思巧妙，柞蚕通过食用带药柞叶，可杀死蚕体内线虫，而对蚕体无害；但其他药剂，包括多菌灵一号，则会使蚕体同时中毒致死。江苏省吴县农药厂专为主产柞丝的辽宁丹东地区生产这种药剂，该项成果，获１９８２年国家发明三等奖。