罗元恺从医几十年，对中医理论有较深入的研究，对历代中医各家各学派的医著亦广为涉猎，但他尊古而不泥古，善于变通和创新。他比较重视肾脾气血，认为肾主先天，脾主后天，先后天协调，气血旺盛，则人体健壮，精神充足，抵抗力强，自可无病，即或偶膺疾病，病亦轻浅而易愈，妇女尤其如此。妇女的生理特点主要是月经与妊娠，月经与肾气的盛衰有直接的关系。临床验证，闭经、不孕或屡孕屡堕的患者亦多有肾虚表现。罗元恺据此提出女性的生殖调节轴为：肾气→天癸→冲任→胞宫。这与西医的生殖内分泌轴，即下丘脑—垂体—卵巢子宫，实有相似之意义。他曾撰《肾气、天癸、冲任的探讨和对妇科的关系》一文加以阐述，并先后著有《论肾与生殖》、《不孕不育症的临床体会》、《闭经的调治》、《更年期综合征的调治》等文，以及《脾胃学说与妇科的关系》，从各个侧面详尽论述肾脾与生殖功能及妇科疾病的关系。罗元恺重视肾脾的学术思想，与明代名医张景岳的观点是一致的。张氏《妇人规》指出：“调经之要，贵在补脾胃以滋血之源，养肾气以安血之室。”又说：“阳邪之至，害必归阴，五脏之伤，穷必及肾。此源流之必然，即治疗之要着”。罗元恺认为这种观点颇为正确，切合临床实际，故特把《景岳全书·妇人规》加以点注出版，除将原文标点断句及逐条注释外，并结合其临床经验、汇集现代医学知识适当给予补充。在卷首撰有《张景岳学术思想及其对妇科的观点简介》一文，指出“景岳对于各家的学术观点既吸收其所长，又不完全苟同，而独树一帜”。“在妇科方面，立论比较允当，内容亦较切合实际，对于临床应用，足资参考，值得推崇”。在注释中，对张氏学术上的某些偏见及迷信附会的说法，亦加以批判，更增加其实用价值。

    罗元恺除了对肾脾的深入探讨之外，晚年对血瘀亦颇有研究。认为妇科虽虚证较多，但气滞血瘀也不少见，不仅可见之于痛经、子宫肌瘤等患者，有些不孕症也属此列。他从理论和临床上研究妇科血瘀证的治法，撰有《活血化瘀法对妇产科疾病的疗效》、《痛经的证治》、《盆腔炎的中医治疗》及《子宫肌瘤的中药治疗》等文加以论述。

    对整个中医理论体系来说，罗元恺比较重视阴阳学说，认为阴阳学说是中医理论体系的核心。他撰有《祖国医学的阴阳五行学说》、《阴阳学说是中医理论体系的核心》等文，认为从现存最早的中医典籍《内经》开始，对人体及其疾病的认识都贯穿着对立统一的哲学观点，阴阳学说不仅作为中医理论的指导思想，而且在理、法、方、药各个环节都有具体的运用，这是中医理论具有辩证法思想的体现。

    罗元恺治学严谨，主张由博返约。他认为一个医学家除研读医著之外，也应涉猎文、史、哲、数、理、化、天文、地理及其他有关的边缘科学，俾能获得广博的知识。因为任何一门学问都不是孤立的，而是可以互相渗透、互相启发，甚或互相移植的。基础宽广而扎实，学问的造诣才能更高深。认为学医之道，除具备必要的基础知识外，在医学领域，也同样需要由博返约，由通而专。医者在掌握了中医基础理论之后，就要从理论到实践，从内科到各科，不断地学习，不断地深入钻研，才会有更大的成就。他曾写《博学笃行，业精于专》一文以述其治学精神。他还认为，一个学者不能只是重复古人的理论或治法方药，应作分析和验证，明辨是非，不宜盲从，而应有所创新。如对古人所谓“女子以肝为先天”、“黄芩白术乃安胎圣药”等观点，他都持不同意见。曾撰《对“女子以肝为先天”一说的商榷》、《漫谈“黄芩白术乃安胎圣药”之说》、《对“柴胡刼肝阴、葛根竭胃汁”的评议》等文，对古人的观点加以评析，并提出自己的见解。