与当时的许多人一样，夏曾佑比较早地接受了“物竞天择、适者生存”的天演论观点，较早地形成了历史进化论思想，并努力将这种理念运用到历史研究当中去。他之所以形成这种思想，自然与严复的影响分不开。

　　在天津与严复相识后，夏曾佑曾发愿要把《天演论》“尽通其义，然后追想成书”，但终未如愿。直到晚年，他还赞扬严复“一旦出数卷，万怪始大呈”，对严氏翻译天演论赞不绝口。所以，在教科书开篇，他便提到达尔文的《种源论》，认为该说虽“本于考察当世之生物与地层之化石”，但“条分缕析，观其会通，而得物与物相嬗之故。”认为这种学说可以破除古代的神造史观。在《神农氏》一节中，他明确指出，凡文明之国，其进化历程必由渔猎社会而游牧、而耕稼，只是为时有迟速而已。在《三国末社会之变迁》一节中，又明确肯定优胜劣败之理是世界公例。在分析具体历史问题(如游侠绝灭的原因)时，他也总是试图说明“其中有天演之理存焉”。而且，他还进一步认为，不能依据道德准则去衡量历史进化现象，在《禹之政教》一节明确写道：“至禹乃确立传位之定法。盖专制之权渐固，亦世运进步使然，无所谓德之隆替也。”

　　有意思的是，夏曾佑认为历史进化以思想学术为先导，其他历史因素只能尾随其后。例如《战国之变古》一节说：“古今人群进化之大例，必学说先开，而政治乃从其后。”他又认为不是所有的历史事物都进化，有些历史事物不但不进化，而且还退化。《文学源流》一节说，《说文》所载名物多至九千，而近代通行的只有两千余名，足见今不若古;“学问愈密，则所用之名愈繁”。汉代以后的中国学问是日益退化的。这个结论当然有些可笑。实际上，名词术语也有其历史性。新事物、新思想层出不断，当旧的语言概念不足以表达时，就会有新的名词术语出现，而旧语言则归于自然淘汰，这正是学问进步的表现。《说文》出现于汉代，当然不能完全概括汉以后的语言现象，怎么可以依据它所载名物的多少来判断它以后的学术状况呢?

　　夏曾佑有时还流露出历史循环论思想。在致宋恕的信中，他说：“天道循环，往而必返。”《文帝黄老之治》分析中国历史中太平与革命相互交替的现象，实际上也是在说中国历史存在着循环公例。

　　与上述观念相适应的，是历史功能与历史因果的思想。夏曾佑说：“智莫大于知来。来何以能知?据往事以为推而已矣。故史学者，人所不可无之学也。”这就是他在历史功能上的态度。