研究院毕业不久，日寇发动侵华战争，攻占北平，成立伪政权。瞿同祖不愿在敌伪统治下做顺民，便于1938年只身南下。在重庆街头巧遇杨开道先生，他当时在贸易委员会任调查处处长，知瞿同祖尚未找到工作，便聘瞿同祖为处员。5个月后，适吴文藻先生和费孝通同学在云南大学成立社会学系，邀瞿同祖前去。瞿同祖遂于1939年夏到达昆明。由社会、政经、法律三系合聘瞿同祖为讲师，后升为副教授、教授，开设“中国经济史”、“中国社会史”及“中国法制史”三门课程。

　　经济史一课由于史料丰富，且易于搜集，故撰写讲稿尚属顺利。在撰写中国社会史讲稿时，遇到不少困难。瞿同祖读过摩尔根的《古代社会》、恩格斯的《家庭、私有制和国家的起源》、罗维(RobertH.Lowie)的《原始社会》(Primi-tiveSociety)、郭沫若的《中国古代社会研究》、陶希圣的《中国社会之史的分析》和吕振羽的《中国社会史纲》等书。但中国社会史史料散见于各种古籍，浩如烟海，搜集不易。虽有瞿同祖叔父宣颖先生的《中国社会史料丛钞》一书可以参考，但所搜集的资料究属有限，尚不能满足瞿同祖的要求。因此，主要仍靠自己的努力，于是广读正史、野史、家训、笔记、小说等书，搜索有关史料。虽然撰写讲稿相当吃力，幸不负苦心，尚能差强人意。1944年，瞿同祖还开始在西南联大社会系兼课，讲授“中国社会史”。

　　瞿同祖在燕京大学研究院时申请过去英国伦敦大学与美国威斯康星大学(Madison校区)学习的两份文件，但后来去了哥伦比亚大学。去哥伦比亚大学，是因为魏特夫教授的邀请。通过吴文藻先生的介绍，瞿同祖认识了来华访问的魏特夫教授。后来魏特夫在美国哥伦比亚大学成立了中国历史研究室。1943年费孝通应美国国务院之邀赴美访问，晤魏特夫时为瞿同祖联系，魏氏即来电邀瞿同祖去该校任研究员。瞿同祖遂偕同妻赵曾玖及子女于1945年春抵达纽约。王毓铨先生和瞿同祖的任务均为汉史的研究。他的课题为经济史，而瞿同祖的研究范围则限于社会史。美国汉学界当时流行的一种体例是于正史中搜集有关资料，选译后旁征博引，加以注释，然后在此基础上撰写论文。

　　瞿同祖利用在哥伦比亚大学担任研究工作之便进修，选读了社会学系与人类学系几位著名教授的课程多门，有麦其弗(R.M.Maciver)的“社会变迁因素”、默顿(R.K.Merton)的“社会结构与理论”、艾贝尔(TheodoreAbel)的“欧洲社会学”、林德(R.S.Lynd)的“美国权力结构”、利普斯特(S.M.Lipset)的“社会阶层之划分”、林顿(RalphLinton)的“人类学”，本尼迪克特(RuthBenedict)的“文化与人格”。加利福尼亚大学人类学系名教授克罗伯(A.L.Kroeber)某年来哥伦比亚大学暑假开“人类学”一课，瞿同祖也选听了。

　　工作之余，瞿同祖着手翻译《中国法律与中国社会》一书，英译本改名为《传统中国的法律与社会》，收入法国巴黎大学高等研究实用学院经济及社会科学部的《海外世界：过去与现在》丛书。抗战时期图书缺乏，瞿同祖在昆明撰写《中国法律与中国社会》一稿时，找不到《宋刑统》，是瞿同祖书中的一大缺点。哥伦比亚大学图书馆藏书丰富，英译本出版时才得以将《宋刑统》补入，弥补了这一缺憾。中华书局重印本付印时，瞿同祖也借此机会补入了《宋刑统》。

　　1948年夏，瞿同祖应华顿盛大学之邀访问该校，为远东系教授及远东研究所人员作一关于“清代绅士”的学术报告，引起该校对绅士问题的重视。哥大中国历史研究室关闭后，王毓铨和瞿同祖的汉史文稿全部被移交给华盛顿大学。60年代该校拟出版瞿同祖的手稿，与瞿同祖商洽。约定由杜敬轲(JackDull)博士担任编辑，瞿同祖利用课余时间，整理和修订原稿，于1965年回国前夕交卷。该书迟至1972年才以《汉代社会结构》的名义出版，那时瞿同祖早已回国了。

　　1954年费正清(J.K.Fairbank)等多名汉学教授发起并组织一次关于中国思想史的讨论会。瞿同祖应邀出席，提交《中国阶级结构与其意识形态》(ChineseClassStructureanditsIdeology)一文，载于费正清编辑的《中国思想与制度》(ChineseThoughtandInstitutions)一书(1957年)。这篇文章后来又收入拉特格斯(Rutgers)大学两位社会学教授合编的《社会学与历史》(SociologyandHistory)一书，介绍瞿同祖运用社会学观点研究历史的成就，作为一个范例。这本书收录了各国学者用社会学观点研究历史的许多论文，从费正清编的那部文集里，只选收了瞿同祖的这一篇论文。编者说瞿同祖是besttraditionofMarxWeber，瞿同祖也不知道怎么翻译好，翻作传统也不合适。这书大概是1964或1965年出版的。

　　1955年，费正清在哈佛成立东亚研究中心，友人杨联升教授为该中心委员会成员之一，推荐瞿同祖去哈佛担任研究员，后兼任讲师。瞿同祖除与杨联升合开“地方志”外，又与杨联升、法学院教授冯梅伦(ArthurTaylorVonMehren)合开“中国法律”的讨论课(seminar)，就是用《中国法律与中国社会》这本书作参考。在哈佛期间，瞿同祖完成《清代地方政府》一书(1962年)。为了进修，瞿同祖又旁听了社会学系名教授帕森斯(Tal-ccttParsons)的“宗教社会学”和法学院教授索恩(S.E.Thorne)的“英国法制史”两课。选听后者的目的是想对不同国家法制史的观点和方法有所了解，能进行比较，或有助于瞿同祖对中国法制史之研究。

　　1962年荷兰(Willi锄Holland)教授在加拿大不列颠哥伦比亚大学成立亚洲系，邀请瞿同祖去该校任副教授，开“中国通史”一课，并讲授古汉语。