赵燏黄在日本学习期间，目睹日本自明治维新以后，药学事业迅速发展。以后，他怀着满腔热情，回国参加辛亥革命。在从事卫生行政管理工作的3年里，他看到中国药学事业十分落后，认为药品依赖进口，东西洋药充斥市场是中国人的耻辱;外国人采购中国廉价原料加以制造，又以高价畅销中国。中国每年进口的药品以千万元计，全国药物的耗费以亿元计，这是中华民国入超的一大漏卮;日本在第一次世界大战之后，鼓励研究中药，中药中的有效成分十之七八为日本人所发现，而中国药材，自己不知研究，徒供外国人作研究之材料。1882年到本世纪40年代初，世界各国学者重视研究中国产的药材和本草古籍，但是，中国不知保存古籍，如敦煌石窟之古本草与其他文物一起被英、法传教士窃取，藏于外国的博物馆。后来，日本人中尾万三到英国博物馆考察了唐代《食疗本草》残卷，写了考察报告。赵燏黄认为，外国人抢走了中国的古本草，我们自己不能去考察，反要由日本人去考察，实乃莫大耻辱。

    出于民族自尊心和对中国药学事业的关心，他曾多次撰文呼吁政府当局和全社会重视发展药学事业。他大声疾呼：“要雪此耻，舍药学者谁属?”他强调只有药学教育的独立发展，药学事业的发展才有希望，大学应设药学院和药学研究院。他还认为最高学术机关应特设药学科，为独立的学术院及研究院，主张研究国药代替西药进口。他还主张振兴实业，要在化学上下功夫，鼓励制药，抵制舶来品。“九一八”事变后，他撰文呼吁对中药应“勇取西法，从事整理，以补救非常时期西药之缺乏”。他建议，将中药单方或复方，在药材品种鉴定和药理实验的基础上改进剂型，直接制成各种制剂，可避免化学制法的繁琐，且能保存生药之全成分。他的这一建议，经过长期的实践证明是可行的。

    麻黄过去是中国出口的大宗药材，而麻黄素却又依赖进口，赵燏黄常为此而感叹。国内当时仅在北平和南京先后提制小量麻黄素，1939年后就停止了。北平沦陷后，他受新亚药厂的委托，克服了重重困难，在朱晟的协助下，在新亚药厂华北分厂用简单的设备创造了石灰法生产麻黄素工艺。1940—1945年共提取300多公斤麻黄素，满足了当时国内的需要，且有部分远销英美，改变了过去麻黄大量出口日本，提取麻黄素后反销中国的历史，为发展中国新的民族制药工业做出了贡献。1950年，大同麻黄素厂恢复生产时，一度曾采用赵燏黄的石灰法简便工艺。此法适于当时生产条件，使停工已5年的废厂只用了少量投资及3个月时间便投入了生产。此后，麻黄素便成为中国大量出口的化学药品之一。

    为了药学学术的独立，他曾撰写《药学的发展，必须医药分立说》一文，阐述了什么是药学。他认为医与药有连带的关系，然各有目的之所属，药学者既不能从事于医学，医学者也决不能从事药学，不可混而为一，提倡医药分立，并非要造成医药互相仇视的局面，而是为了各自前途的发展。

    中华人民共和国成立后，他曾建议卫生部应继续纠正中华民国时期遗留下来的重医轻药的影响。卫生行政领导应当医药并举，如医学院设有药学系，应称“医药学院”，有药物研究部门的医学科学院应称“医药科学院”，这些单位，应由医学家与药学家分别负责，以利医药学共同发展。