1948年12月22日，国民党政府教育部正式任命傅斯年为台湾大学校长(实际上这个决定11月就已作出)。1949年1月20日，傅斯年就任台湾大学校长。假如没有傅斯年，台湾大学在那样动荡的时局中，想要在短时间中迅速崛起、发扬光大，奠定一个现代大学的基础，确是难以想象的。

　　台湾大学最初是日本殖民地时代建立的，所以台大将1945年光复之日算作校庆之期。到傅斯年接手时才迎来了第四次校庆。他之所以能把台大办成孤岛上的北大，这不仅取决于他的干才，取决于他大刀阔斧的勇气与锐气，更主要是他的办学理念，他完全继承了北大的传统，纯粹为办大学而办大学，在相当程度了保持了大学的独立性和学术的尊严，比如拒绝三民主义进学校等。

　　4月20日，傅斯年上任未久，就在《台湾大学校刊》发表的《国立台湾大学三十七年度第一次校务会议校长报告》中明确提出：“第一流的大学，不能徒然是一个教育机关，必须有他的重要学术贡献，但是，也没有一个第一流的大学，把他的教育忽略了的”，他提议通过一年半时间，改进各种通习科目，“务使来校的学生，一进大门来，便得到第一流的教授教他们的普通课，教课之需要实习者，得到充分的实习机会，有富于教本参考书的阅览室可用，有优良的助教改他们的卷子，国文和外国文的程度，一年之内顿然改观。”

　　同时他也表示，“不是我要把一个大学办成一个专是教书的大学。一个专是教书的大学，不会把书教得很好，因为学术水准低，自然不会把书教得深入浅出。所以在进行本校的教育建设上，也应该时时不忘学术的标准。”他说这些都是“卑之无甚高论”，“但在目前大局不定、社会动荡之下，不特‘高调’无从谈起，即此‘低调’，若努力担负起来，也是极其吃力的。……究竟大局与环境能允许我们做到几成，总在未知之数”，但以他那种“虽千万人，吾往亦”的精神力量，他只会一步一个脚印地往前做去。

　　什么是大学?近代意义上的大学在傅斯年心中是很清晰的，他说：“大学是个教授集团，不是一个衙门，照大学法，校长虽然权力甚大，然我为学校之前途计，决不能有极权主义的作风。”[3]他深知，“一个大学必须大家要办好，才能办好，便可以办的好，决不是校长要办好的。我所谓大家这包括全校教职员、学生、工友在内。”

　　当然，“大学的主体当然在教授，为教育、为学术的研究，这都是当然的。假如教授受行政人的干预太多了，流弊极大，可以弄到学术研究根本难得进行。”[5]所以他原则上赞许大学的讲座制度，认为要保障教授的独立性，教学的自由，如果大学教授与中学教员一样，大学便不成其为大学。五四时代，他在北大度过了人生中重要的六年，赶上了蔡元培主政的时光，风云际会，组织新潮社、创办《新潮》杂志，发表了大量鼓动新文化、新思潮的文章，终于和师长陈独秀、胡适他们一同造成时势，开创了新时代，蔡元培先生“兼容并包，思想自由”的观念，以及“教授治校，学生自治”这一套制度已经植根于他的生命深处。在他短暂的55年人生中，从进入北大读书开始，几乎就一直没有离开过大学。他曾先后出任中山大学、北京大学、西南联大教授。在受命担任台湾大学校长之前，他做过西南联大校务委员、北京大学代理校长，对办大学并不是个生手。他有着让胡适佩服得不得了的行政能力，同为“五四”时期北大学生领袖的罗家伦和他开玩笑说，蔡元培、胡适是北大的功臣，而他们是功狗。如今走进台大校园，还能找到被称为傅园的傅斯年墓。有学者说：

　　“台大校史上。孟真(傅斯年)先生虽非创校校长，但在常规及制度之设立上，恐无人能出其右。”

　　他是“五四”之子，三十年来他的作为表明他是当年五四理想最好的捍卫者，三十年后，当他在乱哄哄的孤岛上受命主持小小的台湾大学时，他心中的模本就是三十年前的北大，教授享有学术自由、教学自由，这是不言而喻的，作为校长，他就是要保障教授的这些自由。所以他才会骄傲地对人说：“总之，台大仍是民主国家之自由传统，与大陆情形不同，既未统制思想，亦无亲美宣传(对大陆之亲苏不同)，亦无‘大课’(大课是毛泽东主义)”。

　　他认为“大学的任务，本来是三项：一是教育的，二是学术研究的，三是事业建设的，三者有不可分性。”[8]有相辅相成的关系，“大学是学术机关，它的教育的作用，是从学术的立点出发，不是掉转过来;它的学术的作用是从教育的立点出发。换句话说，大学是以学术为中心，而用这中心发挥教育的力量，不是以教育为中心，而从这中心发挥学术的力量。”“我不是把教育看作第二义，教育当然是人生第一义，但是大学的教育，是从学术的立点出发的，所以大学的教育，与中学的教育不同，并与职业教育不同，而且与专科学校的教育不同，而且应该与号称大学或独立学院的教育而以职业为目的者不同。”

　　他强烈反对把大学当作培养工具的摇篮，坚决摈弃大学的工具主义。抬头看看今天笼罩在工具主义之下的大学，想想傅斯年当年身体力行的理想，不禁让人黯然神伤。

　　同时，他倡导简朴的学风。9月28日是他到台大的第二个学期，发布了这样一个布告：

　　“本校学风，素称俭朴，然亦偶有有钱人之子弟，习为奢侈者。兹在学年开学之始，特行告知诸生，如有娇养成性，习尚浮华者，务请不入本校之门;既入本校之门，即须改行自新，须知国家办此大学，费钱甚多，经费皆民脂民膏，岂容此辈滥竽其内，浪费本校教育之努力!以后如见有习尚浮华，衣食奢侈者，必予以纠正，或开除学籍。”

　　对有钱人子弟，以台大为跳板，一有机会就要出洋，他也深有警惕，认为这是浪费教育资源，退学固然不能禁止，但在发给证件上学校可以有自己的规矩。10月12日发布的布告就是专门防止有钱人子弟“任意来去”的。

　　什么是大学精神?这是他耿耿于心，始终不曾忘怀的。“大学也必须有大学的样子，包括精神与形式”，“发挥大学精神”、“促进学术空气”是他办台湾大学期间首先考虑的。他一直想写一本阐述大学精神、他对大学见解的专书，因为事务繁忙，终究没有写成。但在各种零散的演讲、文章、书信、布告等文字中，我们可以大致上看出他的基本观点。

　　1949年11月，在台大第四次校庆时，他发表演讲说不许把大学作为任何学术以外的目的的工具，“如果问办大学是为什么?我要说：办大学为的是学术，为的是青年，为的是中国和世界的文化，这中间不包括工具主义，所以大学才有它的自尊性。这中间是专求真理，不包括利用大学作为人挤人的工具。”“台湾省既然回到祖国的怀抱，则台湾大学应该以寻求真理为目的，以人类尊严为人格，以扩充知识、利用天然、增厚民生为工作的目标。”

　　在最根本的意义上说，大学精神就是傅斯年说的“专求真理”(或“寻求真理”)这四个字，这是第一位的，其余的都是次要的。这和竺可桢当年为浙江大学确立的“求是”校训，和哈佛大学的校训也都是相一致的。本着这一理想，傅斯年呼吁学生第一是要立信，在品行上自我修炼，一个社会品行好的人多，社会就会健全，反之就很危险。“这一个时代，真是邪说横流的时代，各种宣传每每以骗人为目的，在宣传者不过是想用宣传达到他的目的，但是若果一个人养成说瞎话的习惯，可就不得了。人与人之间，因为说瞎话不能放心，团体与团体之间，因为说瞎话不能番木瓜心，社会上这个风气厉害了，社会就不上轨道。”在大学里这一观念尤其重要，他倡导“知识的诚实”，如果没有这样的精神，学问不能进步，发明更谈不上。“所以立信是做人、做学问一切的根本，也是组织社会、组织国家一切的根本。”

　　第二是力学，“在这个苦难的时候能有这样一个环境，已经算很有福气了!这个遭遇，这个环境，是万万不可辜负的。……这些年来，大学里最坏的风气，是把拿到大学毕业证书当作第一件重要的上上，其实在大学里得到学问乃是最重要的事，得到证书乃是很次要的事。”重要是的是“由学术的培养达到人格的培养”，“须知人格不是一个空的名词，乃是一个积累的东西。积累人格，需要学问和思想的成分很多。”

　　第三是爱国，他认为这是一种本能，是对民族文化、历史的一种认同感。

　　第四是爱人，“爱国有时不够，还须爱人。爱国有时失于空洞，虽然并不一定如此。至于爱人，却是步步着实，天天可行的。……克服自私心，克服自己的利害心，便可走上爱人的大路。只要立志走上这个人道的大陆，无论一个人的资质怎么样，每人都有作到释迦牟尼或耶苏基督或林肯或国父孙中山先生的机会，至少分到他们的精神。”

　　“这样才可以使我们的大学成为宇宙间的一个有意义的分子”。