为维护大学精神，傅斯年是一往无前，毫不退缩地站在前面，当时的台湾风雨飘摇，一切都没有上轨道，社会情绪激越，学生左倾严重，校园里扭秧歌、撒传单时有发生，一方面他筚路蓝缕，致力于营造大学的学术氛围。

　　另一方面还要抵挡来自政治的风浪，以及社会上的各种攻击，他恪守的一条底线就是大学的独立与尊严。

　　据陈雪屏回忆当时他的健康情形已很是令人担忧，“但他一方面心忧大局，同时锐志要把台大建设成一个够世界水准的学府，殚精竭虑，竟无一刻的轻松。”劳累过度成为他英年早逝的重要原因。

　　4月6日，傅斯年接到国民党警备司令部的公文，指控14名学生“张贴标语、散发传单，煽惑人心，扰乱秩序，妨害治安“等，要将他们拘捕，并进校抓人。据包天笑日记，这一天台北宣布戒严，“有几处热闹区域，均断绝交通”，一时风声鹤唳，人心惶惶。第二天，警备司令部的名单上又扩大到23人之多，对此，身为大学校长的傅斯年无可奈何，为了保护学生，他当时的态度很明确。4月7日，台大行政会议上作出由校长本人向国民党当局接洽的决定(当时省主席为陈诚)，提出四点要求：

　　一、凡载在名单内之被捕学生，迅即移送法院审讯

        二、凡不在名单内而被捕之学生，即予释放

         三、以后如不发生新事件，绝不再行拘捕学生;四、准许学校派人探视被捕学生。

　　傅斯年不断地要求当局“依法处理”，也就是从法律途径上努力，他内心的痛苦旁人是无法体会的。当时国民党残余政权尚未迁台，对学生的思想钳制并没有像后来那样严密，白色恐怖还没有正式揭开帷幕，岛上反内战、反饥饿、反迫害的学生运动也和大陆一样此起彼伏，校园里跳起了秧歌舞，有学生还专门写下《为什么扭秧歌》的文章，一派天真烂漫。傅斯年却深知其中的险恶，他也曾协助国民党当局将一千多名左倾学生遣返大陆，功过是非，后人自可评说。有人说他的“可爱之处”是，他与国民党保持着良好的关系，经常向蒋介石要经费，上一次草山(后改名阳明山)必满载而归。所以他曾开玩笑说：“胡适比我伟大，但我比胡适能干。”但他并不跟着国民党当局钳制学生的思想，无论在怎样的情况下，他始终都坚持校园内必须有自由的学风。“当时有位学生受累坐牢，即赖傅斯年营救得以伸冤。中研院史语所还保留了这位学生感谢傅斯年救命之恩的一封信。其他被捕学生有的说：‘当时傅斯年自北大带来的自由学风，就算有特务进了校园，也起不了作用。’”

　　自由学风，无论到时候都会令人向往。当年的台大学子都相信那是他们的校长从老北大带来的，有两个例子可以证明这种学风的可贵。一是傅斯年做校长那一年入学的台大学生可以不读三民主义，也不要升旗，在此之前和傅斯年谢世、钱思亮继任后，这都是不可想象的，算得上是空前绝后。二是台大政治系教授萨孟武一直放言无忌，批评国民党的法统，播洒民主法治的种子，很多外系的学生都去他的课堂旁听，影响越出了校园外，连他的口头禅“因此他之故”也名闻遐迩，成了大家的口头禅，对一代青年产生了深远的影响。萨孟武的言论自然让国民党当局头疼不已，因为有傅斯年在，他就可以在台大继续教下去，不用改变什么，一旦傅斯年不在了，国民党的党团势力渗入台大，也就一切都变了。

　　傅斯年挺身保护学生的故事，在台大更是一直传为美谈。难怪在他身后很多年，有人这样说，读书人应该有一种骨气，“这种骨气，已不能在傅斯年以后的历任台大校长身上找到了。”

　　傅斯年和亦师亦友的胡适一贯主张表达意见要署真名实姓，表示负责任，因为我们要争取的不是匿名的自由，1949年5月初，在台大校园里出现了匿名的油印传单，以极丑的词句攻击训导主任，他发出布告，“须知匿名之事，即不负责任之表示;而丑言攻击，实非大学教育所能容。”“总之匿名传单，恶词攻击之风气，与良好之学校风习决不相容”。

　　5月20日，他发布布告，台湾已宣布戒严，即进入战时状态，要学生注意：所有壁报必须由登记团体盖章才可张贴，其中文字如发生事故，由登记人负责。不得举行非学术性、游艺性、交际性的集会，即使是这类集会事先也要经训导处许可。但当国民党当局变本加厉地践踏大学独立、学术自由的制度，肆意逮捕师生时，他终于忍无可忍，挺身而出，不准军警随意入校捕人。国民党政府下令实行联保制度，一人因政治思想“不纯正”被判罪，其他人都要连坐。面对这样极端反动摧残思想和学术自由的制度，傅斯年愤慨地对国民党当局声明，台大师生由他一人担保，发生问题，他负全部责任;从而迫使这个反动制度在台大无法推行。

　　他在国民党统治下致力于维护大学独立的原则，可以说已经竭尽所能。早在1932年，面对国民党在大学推行党化教育或所谓三民主义教育，他就尖锐地指出：“教育如无相当的独立，是办不好的。官治化最重之国家，当无过于普鲁士……当年以德皇威廉第二之专横，免一个大学校长的职，竟是大难……其用人行政，一秉法规，行政官是不能率然变更的。”

　　7月11日，叶青在《民族报》发表公开信，攻击傅斯年主持下的台大“优待共产党”，一是台大教授李霁野突然离开，未经系主任、院长同意，只是留信一封，说是请假，传闻先到香港，后到大陆。另一副教授张则是办好了请假手续，送家眷去广州，校方仍发薪水。二是法学院院长萨孟武“参共亲共”、“台湾大学中有些院长和系主任还是共党分子或亲共分子，他们把持院系，排拒异己，正是把他们底院系变成共产党细菌的温床”。

　　面对这些不顾事实、罗织的大帽子。7月14日，傅斯年挺身而出在同一报纸发表《傅斯年校长的声明》，一一予以驳斥，并断然表示“学校不兼警察任务”、“但是我不兼办警察，更不兼办特工”，这一声明义正词严，55年后依然有着金石般的回响，这是他对大学精神的捍卫。他与叶青的冲突主要就是因为如此，叶青信中一句话露出了马脚，“对于从共区逃出来的学者专家，应该尽量罗致”。傅斯年读出了其弦外之音，但他说：“我请教员，当然要依据标准，依据专业之精神，尤其是因台湾大学各院系之需要而定，我若把台湾大学作为‘招贤纳士’之处，那真对不起国家了。招贤纳士与办学不能合为一事，国家要如此，可以另设机关，学校若如此，必糟无疑。”

　　在7月20日发表的《两件有关台湾大学的事》中，他继续说：“我不能一面办大学，一面‘招贤纳士’。‘招贤纳士’在国家有其必要，若是一个人去办，徒是培植自己的势力耳。这是我所绝对不取的。一个大学，兼办‘招贤纳士’，必致弄得不成样子，所以这半年以来，我对于请教授，大有来者拒之，不来者寤寐求之之势，这是我为忠于职守应尽的责任，凡资格相合，而为台大目前所需要者，则教育部长之介绍信与自我之介绍信同等效力;如其不然，同等无效。”

　　叶青又在《民族报》上发表了一个声明。傅斯年被迫于20日再次发表声明反驳：“大体上我并不反对列宁之目的而反对其方法，因为他的目的还有不少人道主义，而其方法则是马嘉维利主义。至于斯太林，则目的全是帝国主义，而其方法则是越变越利害的马嘉维利主义。自由主义的方法，绝不能毫无凭据，指人为共产党亦绝不能不重视在法律内的学术自由。”

　　如他后来给远在法国的李书华信中所说：“弟到此办此一大学，真正上当，大概说来：(1)办一新大学容易，改革一个旧大学难。(2)弟在北大任内，多是老朋友，吵架固多，办事也有甚愉快处，此地是‘接受别人杂牌队伍’。(3)基于政治情形，此地请人大不易也。简直请谁谁不来。”比如他请竺可桢、陈寅恪等都没有成功。[29]这封信写于1950年10月18日，其中一段被湖南教育出版社出版的《傅斯年全集》删节了，他重申“总之，台大仍是民主国家之自由传统，与大陆情形不同，既未统制思想，亦无亲美宣传(对大陆之亲苏不同)，亦无‘大课’(大课是毛泽东主义)”

　　当然，小到新生入学、盖学生宿舍、学校医院、接济大陆来台学生的“救济金”、解决困难学生“申请工读”等问题，作为校长，傅斯年也无时不牵挂在心。在他手里，台湾大学成为第一流的大学，不是偶然的。在他逝世前不久，他给友人的一封信中谈到台湾大学时写道：“这一年半大学有惊人的进步……学校在一切环境下。尚能维持其应有之liberal tradition of universities(大学的自由传统)。虽然不是没有麻烦。”在孤岛当时的朝不保夕的大环境下，这已经是了不起的成就。难怪有人这样评价：“傅斯年先生长台大两年的最大的成就，在保持了学术独立和尊严，扩大了研究空气……许多不学无术的党棍子，想混进台大，许多翻云覆雨的官僚政客想染指……两年来明枪暗箭，栽赃诬陷，就地打滚，集无耻之大成的各种手段，都对傅先生施用过，而傅先生英勇坚定，绝不为所动，贯彻自己的主张，且与这些丑恶势力对垒作战。”

　　与那些巴结专制统治者唯恐不及的学术官僚相比，真有云泥之别。

　　1950年12月20日，傅斯年在岛上一病不起，撒手人寰。他的一生终究只是一个读书人，他身上有着浓厚的“中国念书人的习气”，他的见解哪怕不对，在他也是出于至诚，完全是内心真实想法的流露，丝毫也不作伪，因此才充满了一种与天地精神相往来的浩然之气。他之炮轰孔、宋如此，他受命于危难之际办台湾大学也是如此，用他喜欢的斯宾诺莎的话说就是“我们贡献这个大学于宇宙的精神”。来到孤岛，他已抱定“归骨于田横之岛”的决心，所以才会心无旁婺地办台湾大学，将他最后的生命都投入进去。台湾大学在他手里迅速崛起，不是偶然的。