“七·七”事变后，郑耀南回到掖县，他根据北方局关于组织抗日武装、坚持敌后游击战争的指示，建议县委整顿充实组织，加强国共合作，组成广泛的抗日统一战线；《红星》刊物改为《民声》，恢复出刊。他执行县委决议，在平里店组织六七十人的“掖县人民抗日义勇军”。此后，各地相继成立了“掖平人民抗日救国会”、“抗日除奸团”、“人民抗日救国会”等十几个抗日武装组织。同年10月与国民党建立抗日统一组织“民众抗敌动员委员会”(简称“民动”)，郑耀南任军事委员，统一领导全县抗日武装。 　　1938年2月日军侵占掖县，成立以汉奸刘子容为县长的伪县政府。郑耀南提出县委的中心任务是抗敌除奸，开展广泛的游击运动，并于3月初领导玉皇顶武装起义，占领伪县政府和公安局，活捉汉奸刘子容。后“民动”改为“胶东游击第三支队”(简称“三支队”)，郑耀南任队长。为加强党对军队 的领导，在大队普遍设政委职，在中队普遍设指导员，均由共产党员担任。各大队秘密建立党支部，树立党在政治军事上的绝对优势。为发展根据地的经济，郑耀南聘请一些有专门经验的人，成立财经委员会，制定一整套根据地的经济制度和政策，筹备成立北海银行。并兴办文化教育事业，成立《抗战日报》社、抗战剧团，出版综合性刊物《海涛》半月刊。人民抗战热情空前高涨，两三个月时间，三支队发展到3700余人，成为当时胶东最大的一支抗日武装。 　　郑耀南正确执行抗日统一战线政策，他说：“只要他们不反共，有爱国思想，愿意和同情抗日，不管他们以前的表现怎样，也不管他们是什么阶级，什么职业，我们都应该争取他们，团结他们。”对于破坏统一战线的言行，他坚持斗争。原国民党掖县县党部负责人赵森堂，在三支队安插亲信，阴谋策划在“七·七”抗战一周年纪念日举行反革命暴 乱，杀害共产党员。郑耀南得悉后，采取果断措施，将这一小撮反革命分子逮捕处决。 　　1938年9月，三支队奉命与三军合编为山东人民抗日游击队第五支队，郑耀南任支队下属团长。有的同志认为这种安排不当。郑耀南说：“共产党员闹革命不是为当官而是要解放全中国。”在其言行的教育下，部队合编很顺利，胶东特委书记王文赞扬说：“可见天下的共产党员都是一样的，老郑真是一个好同志!”不久，郑耀南被任命为五支二十一旅旅长兼蓬(莱)、黄(县)、掖(县)警备司令。 　　1939年10月，郑耀南调中央马列学院学习。1941年8月调中央社会部工作。1946年2月病故。