尽管佛朗哥谋求内战后重振西班牙，但这场耗尽资源的战争使国家内部继续分裂，资源耗尽。5个月后第二次世界大战爆发，政府更加不稳，佛朗哥最初震惊于希特勒无故入侵信奉天主教的波兰，小心翼翼地避免单独卷入战争。这是对他的统治的严峻考验。在整个大战期间，佛朗哥一直周旋于两大集团之间，看风使舵，利用英、美与德、意之间的矛盾，从中捞取好处。英法为了阻止佛朗哥靠近轴心国，不断地在经济上援助西班牙，以拉拢西班牙在大战中保持中立。佛朗哥考虑到西班牙的国力不强，同时也害怕德、意控制自己，在大战初期，有意地疏远轴心国。例如，在一次马德里盛大阅兵典礼上，由于佛朗哥故意把准备要出席的德国元帅赫尔曼·威廉·戈林的名字排在法国驻西班牙大使亨利·菲利浦·贝当的后面，使这位早已将自己的指挥棒、元帅服送到马德里以施威摆阔的戈林受屈受辱，最后，放弃到马德里参加观礼。大战期间，佛朗哥宣布西班牙为中立国，游离于交战双方之外，时而靠近德、意，时而为英、法叫好。当德、意力促西班牙加入轴心国参战时，佛朗哥谨慎地予以回绝，他委婉地给德国外长里宾特洛甫写了一封长信，意思是说如果德国能拿出一个德、意必胜的证据来，西班牙马上加入德、意集团。

　　然而，到1940年上半年，由于德国横扫西欧，连连获胜，热衷投机的佛朗哥保持中立的立场开始倾斜，他希望趁机收回被英国人控制两个多世纪的直布罗陀。6月，佛朗哥突然出兵占领丹吉尔。当时丹吉尔是由德、意、英、法四国共管的地区。佛朗哥在采取这一军事行动以前，只通知了德、意，而没有通知英、法。随后佛朗哥又提出收回直布罗陀的口号。

　　1941年6月，阿道夫·希特勒进攻苏联，佛朗哥被希特勒的胜利冲昏了头脑，表示完全支持希特勒的行动，并请求德国允许西班牙长枪党志愿军参加对苏战争，以报答1936年至1939年间德国给西班牙兄弟般的援助。此时，佛朗哥仍留有后退的余地。对外，他只是宣布西班牙由中立国转变为非交战国，对德国，他强调“西班牙派志愿军并不等于站在德国一方参战。实际上，佛朗哥组织了一个由长枪党员组成的“蓝色师团”，穿上德国军队的服装，开赴苏联作战。到1943年，佛朗哥眼看轴心国取胜渺茫，马上又调整西班牙的外交政策，宣布西班牙由“非交战国”恢复中立，并下令召回在苏联作战的“蓝色师团”。