从此跟党走。新中国成立，百废待兴，急需人才，还没完成大学学业的顾念祖服从党组织安排，参加上海市人民法院的筹建。“养天地正气，法古今完人”，他以东吴大学的校训作为前进的指导思想。

    1955年，上海市高级人民法院成立，顾念祖历任研究员、研究室副主任、审判员、任政治处副主任及主任等职；1983年至1985年，任上海中级人民法院的院长；1985年至1993年，先后任上海市高级人民法院副院长、院长。

    在半个多世纪与法律打交道的过程中，顾念祖得出一个结论——要实现法律的价值和尊严，法律工作者必须要敢于执法、善于执法，不惜以身殉法，自觉为漫漫法治之路做铺路石。经过几代人的努力，一定能实现依法治国的基本方略。他坚信，只有这样，才能做到依法治国，实现和谐社会的公平正义。

    当然，在社会转型过程中，有些人容易“信权不信法”、“信官不信法”、“信访不信法”，似乎权与官都比法要大。顾念祖认为，依法治国既然成为基本方略，理所当然不能以言代法、因人废法、权大于法。他坚持“自由之思想，独立之思考”，凭良心、凭党性，依法独立审判，排除这样那样的干扰，“别人的官帽是戴在头上的，我的是拿在手里的，随时可以拱手让人。”

    顾念祖经手过不少大案、要案、难案。这些案件往往被社会各界普遍关注，媒体纷纷报道，各种影响干扰也会纷至沓来，法院、法官面临着来自方方面面的压力，如当年在全国都有影响的著名劳模杨怀远诉张士敏诽谤案。

    1985年春，作家张士敏受工人出版社委托为杨怀远撰写传记。采访结束，两人发生矛盾。之后张士敏撰写的长篇小说《荣誉的十字架》，1988年5月在上海文学杂志《小说界》上发表。张士敏在塑造小说主人公于妙根时，采用了杨怀远许多独有的特征和事迹，还着力描写以杨怀远为原型的主人翁于妙根在“文革”中起来造反，完全失去了劳动模范的道德品质的高大形象，使人感到卑鄙丑恶。小说中还写到，于的妻子因不满没有爱情的婚姻，与另一造反派头头通奸，后来投江自杀。《荣誉的十字架》发表后，引起了轰动，看过小说并了解杨怀远先进事迹的人自然将二者联系起来，议论纷纷。杨怀远向法院起诉，法院立案后，上海有几十个知名作家联名向市领导写信，说鲁迅写《阿Q正传》，没有听说谁告鲁迅的。如果法院审理张士敏案，那么今后谁敢写作呢？航运机关、总工会等部门以及一些劳模则要求法院查清事实，还杨怀远清白。本案影响很大，上海高院坚决排除各种案外因素的干扰，坚持中立态度，依法独立审判。不久，本案依法判决，双方都没有上诉。