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由于这样的记忆及其相关模式非常深刻，日后类似事件很容易就会触发原来的记忆，即使有时候事件的相似度相当低。面对威胁生命的状况时，这类强烈的记忆反应显然对生存具有重要的作用：它让我们辨认并避免食用曾经使我们生病的食物，也让我们避免跟攻击性特强的动物或同种成员对抗。但是，它也很可能会混淆或扭曲我们对较普通经验的感知。举例来说，常常被父母亲或其他成人羞辱及批判的孩子，长大成人之后，在面对权威人物时，可能会有异常强烈的恐惧、怨恨或其他不悦的情绪。这种扭曲反应的产生，通常是因为脑杏仁核用于触动记忆反应的连接方式不够精确。只要现在情境中有某个重要因素类似过去经验中的某个因素，就会撩起储存在原始经验中各式各样的想法、情绪、荷尔蒙反应和肌肉反应。
脑边缘系统有时也称为“情绪的脑”。脑边缘系统活动的平衡主要靠“皮质层”——脑部的第三层，也是最新发展的一层。皮质层是哺乳动物特有的结构，具有推理、形成概念、计划，以及调整情绪反应的功能。尽管大部分哺乳动物的皮质层都相当薄，但只要看过猫如何设法撬开衣橱，或看过狗学会如何操作门把手，你就可以见证到动物大脑皮质层的功用。
人类和其他高度进化的哺乳类动物的大脑皮质层，已发展为更大且更复杂的结构。大部分人想到脑时，心中出现的画面通常就是具有许多突起和沟槽的这层结构。事实上，如果不是这些突起物和沟槽，我们根本就无法想象脑部是什么，因为发达的大脑皮质层赋予我们想象力，也赋予我们创造、理解及运用符号的能力。皮质层让我们具有语言、写作、数学、音乐和艺术的能力。我们的皮质层是理性活动的中心，是解决问题、分析、判断、控制冲动，以及组织信息、从过去的经验与错误中学习、同情他人等能力的所在。
仅仅知道人脑由这三层不同的构造所组成的事实，就已经够令人惊讶了。更神奇的是，无论我们觉得自己有多么先进或高度发展，任何一个念头的产生都必须经过脑干、脑边缘区域与皮质层这三层构造之间一系列复杂的互动。此外，每一个念头、感受或经验似乎都是一组不同的互动关系，所涉及的脑部区域也都是独特的，不是其他念头所能启动的区域。
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